สินค้าที่มาปฏิบัติพิธีการที่ด่านศุลกากรสิชล ส่วนใหญ่เป็นสินค้าขาออก ขนส่งทางทะเล มีสินค้าหลักในการส่งออก ดังนี้

-แร่ธรรมชาติ จำพวก ยิปซั่ม และโดโลไมต์ มีผู้ประกอบการส่งออกสินค้าดังกล่าว จำนวน 3 ราย โดยจะทำการขนถ่ายสินค้าบริเวณท่าเรือน้ำลึก อ.ขนอม จ.นครศรีธรรมราช ประเทศปลายทาง ญี่ปุ่น อินโดนีเซีย มาเลเซีย ฟิลิปปินส์ เวียดนาม เกาหลีใต้ ไต้หวัน

-ก๊าซธรรมชาติเหลว (NGL) มีผู้ประกอบการส่งออกจำนวน 1 ราย (ปตท.) โดยจะทำการขนถ่ายสินค้าบริเวณโรงแยกก๊าซธรรมชาติขนอม อ.ขนอม จ.นครศรีธรรมราช ประเทศปลายทาง สิงค์โปร์

นอกจากนี้ด่านศุลกากรสิชล ยังมีการปฏิบัติพิธีการเกี่ยวกับเรือค้าชายฝั่ง สินค้าในการค้าชายฝั่งส่วนใหญ่เป็นก๊าซ LPG ซึ่งทำการขนถ่ายสินค้าบริเวณโรงแยกก๊าซธรรมชาติขนอม อ.ขนอม จ.นครศรีธรรมราช

การปฏิบัติงานของเจ้าหน้าที่ด่านศุลกากรสิชล ส่วนใหญ่เป็นการปฏิบัติงานนอกสถานที่ เนื่องจากท่าที่ทำการขนถ่ายสินค้าอยู่ที่ อ.ขนอม ซึ่งด่านฯ ได้จัดส่งเจ้าหน้าที่ไปทำการตรวจเรือ ควบคุมการบรรทุกขนถ่าย ตรวจชั่ง ตลอดจนการตรวจปล่อยสินค้าเข้า - ออก ควบคุมให้มีการปฏิบัติพิธีการให้ครบถ้วนถูกต้อง และป้องกันไม่ให้มีการกระทำผิดตามกฎหมายศุลกากร

ปัจจุบันกรมศุลกากรมีการเพิ่มประสิทธิภาพในการบริหารงานศุลกากรด้วยระบบเทคโนโลยีสารสนเทศ โดยการนำระบบพิธีการศุลกากรทางอิเล็กทรอนิกส์แบบไร้เอกสาร paperless เน้นบริการที่สะดวก รวดเร็ว และโปร่งใส ในรูปแบบของ e-customs ซึ่งได้ถูกออกแบบให้มีรูปแบบและขั้นตอนการทำงานของโปรแกรมของแต่ละระบบมาเป็นมาตรฐานเดียวกัน เพื่อให้บริการแก่ผู้ประกอบการอย่างครบวงจร ซึ่งผู้ประกอบการส่งออกที่ด่านฯ สิชล ได้เข้าระบบดังกล่าวครบถ้วนแล้วเมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2551