ประวัติความเป็นมา เริ่มแรกด่านศุลกากรสิชล ตั้งอยู่ที่หมู่ที่ 7 ถนนสายบางดี –ชายทะเล ตำบลเสาเภา อำเภอสิชล จังหวัดนครศรีธรรมราช เรียกกันว่า ด่านภาษีท่าหมาก มีเนื้อที่ 2 ไร่ 3 งาน 88 ตารางวา และฝากให้อยู่ในความดูแลของด่านศุลกากรนครศรีธรรมราช ในปี พ.ศ. 2484 ได้ย้ายที่ทำการมาตั้งอยู่ที่ริมทางแยกปากคลองทุ่งใสกับคลองตลาด (เป็นที่ดินเช่าของเอกชน) โดยไม่ทราบสาเหตุของการย้าย ต่อมา เมื่อวันที่ 1 เมษายน พ.ศ. 2492 นายหนู วรรณโสภณ เสมียนรักษาการแทนนายด่านศุลกากรสิชลในสมัยนั้น ได้ขอใช้ที่ดินราชพัสดุของอำเภอสิชล บริเวณริมทะเลปากน้ำสิชล (ที่ตั้งด่านศุลกากรสิชลปัจจุบัน) เพื่อก่อสร้างด่านศุลกากรแห่งใหม่ทดแทนที่ทำการเดิมที่ชำรุด และในวันที่ 27 เมษายน พ.ศ. 2492 นายชวน พรพงศ์ (คณะกรรมการอำเภอสิชล) แจ้งว่า ที่ดินดังกล่าวเป็นที่ดินสงวนตามประกาศของขุนวัฒนกิจพิศาล นายอำเภอคนก่อน ได้ลงทะเบียนสงวนไว้แล้ว ไม่ใช่ที่ดินราชพัสดุ แต่ได้อนุญาตให้ใช้พื้นที่สร้างด่านฯ มีเนื้อที่จำนวน 5 ไร่ (ต่อมาได้ขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุในปี พ.ศ. 2508) โดยทิศเหนือ ยาว 2 เส้น 10 วา จดคลอง ทิศใต้ 2 เส้น 10 วา จดควนเขาคอกวาง ทิศตะวันออก 2 เส้น จดควน และทิศตะวันตก 2 เส้น จดบ้านนายหลีหลก แซ่หลี และเริ่มทำการก่อสร้างในวันอังคารที่ 3 พฤษภาคม 2492 เวลา 06.28 น. โดยก่อสร้างอาคารที่ทำการด่านฯ ขนาดกว้าง 4 เมตร ยาว 9 เมตร เป็นอาคารคอนกรีตชั้นเดียวทรงปั้นหยาผนังก่ออิฐถือปูน หลังคามุงกระเบื้องเกี่ยวขนาดเล็ก จำนวน 1 หลัง ใช้งบประมาณก่อสร้าง 20,000 บาท บ้านพักนายด่านศุลกากร อาคารไม้ชั้นเดียวยกพื้นสูง หลังคามุงกระเบื้องเกี่ยวขนาดเล็ก กว้าง 5 เมตร ยาว 15 เมตร จำนวน 1 หลัง และบ้านพักศุลการักษ์ อาคารไม้ชั้นเดียว กว้าง 4 เมตร ยาว 12 เมตร จำนวน 1 หลัง

ในปี พ.ศ. 2519 กรมศุลกากรได้จัดสร้างด่านศุลกากรสิชลขึ้นใหม่ โดยรื้อด่านฯ เก่า ?ซึ่งมีสภาพชำรุดทรุดโทรม ไม่เหมาะสมเพียงพอกับปริมาณงานและอัตรากำลังเจ้าหน้าที่ที่เพิ่มขึ้น โดยสร้างอาคารสำนักงาน (ที่ทำการปัจจุบัน) เป็นอาคารคอนกรีตชั้นเดียวกว้าง 10 เมตร ยาว 12 เมตร หลังคามุงกระเบื้อง จำนวน 1 หลัง บ้านพักเดี่ยว 2 ชั้น จำนวน 3 หลัง บ้านพักคู่จำนวน 2 หลัง โรงรถ จำนวน 1 หลัง ต่อมาในปี พ.ศ. 2521 ได้ขอใช้ที่ดินเพิ่ม ปัจจุบันรวมเนื้อที่ประมาณ 7 ไร่

ในปี พ.ศ. 2558 กรมศุลกากรได้ดำเนินการก่อสร้างด่านศุลกากรสิชลขึ้นใหม่ เนื่องจากอาคารที่ทำการ บ้านพัก และอาคารใช้สอยต่าง ๆ มีสภาพชำรุดทรุดโทรมจากการใช้งานมาเป็นเวลานาน อาคารที่ก่อสร้างใหม่ได้แก่ อาคารสำนักงาน อาคารคลังของกลาง อาคารที่พักอาศัย พร้อมทั้งปรับปรุงภูมิทัศน์ให้เหมาะสมกับการบริการประชาชน ซึ่งโครงการดังกล่าวมีกำหนดแล้วเสร็จในเดือนพฤศจิกายน 2559

ปัจจุบัน ได้จัดสร้างด่านศุลกากรสิชล พร้อมบ้านพักข้าราชการ และโรงพักสินค้าแห่งใหม่ เพื่อรองรับการให้บริการประชาชนแบบเต็มรูปแบบ จัดได้ว่าเป็นด่านฯที่มีทัศนียภาพสวยงามไม่แพ้ด่านใดในประเทศไทย ถือเป็น 1 ใน Landmark ของอำเภอสิชล